1.在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察,因此無法觀察活樣本。隨著技術的進步,環境掃描電鏡將逐漸實現直接對活樣本的觀察;
2.在處理樣本時可能會產生樣本
本來沒有的結構,這加劇了此后分析圖像的難度;
3.由于電子散射能力極 強,容易發生二次衍射等;
4.由于為三維物體的二維平面投影像,有時像不唯 一;
5.由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本,而有可能物質表面的結構與物質內部的結構不同;
6.超薄樣品(100納米以下),制樣過程復雜、困難,制樣有損傷;
7.電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本;
8.此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。